A l’origine du musée de Semur-en-Auxois se trouve une école de Dessin et de Sculpture fondée en 1833 et installée dans l’ancien couvent des Jacobines au cœur de la ville.
En 1834, Etienne Bouhot, peintre né aux environs de Semur en 1780 qui a fait sa carrière à Paris, revient sur ses terres natales et prend la direction de l’école : c’est sous son impulsion que le musée s’organise peu à peu, grâce aux envois d'oeuvres de ses amis artistes qui servent de modèles aux élèves.
Une nouvelle salle est ensuite aménagée au deuxième étage pour accueillir les collections de peintures et de sculptures, dont les œuvres du fonds d’atelier d’Augustin Dumont, statuaire parisien (1801-1884) auteur du Génie de la Liberté, léguées à la ville en 1884.
Vue du pont Joly à Semur-en-Auxois
par Etienne Bouhot
Augustin Dumont
Etienne Bouhot
Jean-Jacques Collenot
En 1866, le musée s’enrichit d’une section d’histoire naturelle grâce au don d’un ensemble exceptionnel de plus de 10 000 échantillons géologiques patiemment récolés dans l’Auxois par 3 membres de la Société des Sciences Historiques et Naturelles de Semur-en-Auxois, Collenot, Bréon et Bochard. Une salle est alors aménagée spécialement au premier étage et s’affirme aujourd’hui encore comme un modèle du genre par sa muséographie XIXe siècle et la richesse de sa collection.
Autour de ce premier noyau d’œuvres réuni par Etienne Bouhot entre 1834 et 1862, date de sa mort, se constituent des collections d’archéologie issues des fouilles de la région (Courcelles-les-Semur, Alesia, Sources de la Seine…) ou de sculptures médiévales provenant pour la plupart des édifices religieux de Semur (église Notre-Dame et couvents).
Le musée présente également des plâtres originaux d’Augustin Dumont, des œuvres médiévales (Anges Deuillants de la Mise au tombeau fin XVe siècle, peinture murale d'un Saint Christophe attribuée à Jehan de Bruges provenant de la Collégiale, fin XIVe siècle…), des peintures du XVe au XIXe siècle (tableaux de Vignon, Vallayer-Coster, Corot, Caruelle d’Aligny,Boilly, Bouhot…).